In einer nahen Zukunft hat der übergewichtige Tokita Kōsaku eine revolutionäre psychotherapeutische Behandlungsmethode entwickelt. Diese trägt den Namen DC Mini und ist ein Gerät, das es dem Therapeuten ermöglicht, die Träume des Patienten als Film aufzuzeichnen und zu analysieren. Dem Behandelnden ist es darüber hinaus möglich, mit den Träumen des Patienten zu interagieren und diese in bestimmte Richtungen zu lenken. Chiba Atsuko ist eine der Entwickler dieses Gerätes. Obwohl der DC Mini noch nicht vollständig entwickelt ist, benutzt Chiba das Gerät bereits illegal, um ihren Patienten zu helfen. Dabei agiert sie unter dem Alter-Ego „Paprika", das immer dann zum Vorschein kommt, wenn Chiba träumt. „Paprika" ist lebhafter und spontaner als die seriös wirkende Chiba.
Ein Prototyp des DC Mini wird gestohlen. Der unbekannte Dieb benutzt ihn, um das Unterbewusstsein der Menschen zu manipulieren. Als immer mehr Menschen manipuliert werden, macht sich Chiba als „Paprika" auf, um den Dieb zu finden und ihn zu stellen. Auch Tokitas Assistent wird manipuliert und schließlich auch ihr Chef Shima Toratarō, der Leiter der DC Mini-Entwicklung. „Paprika" kann ihren Chef jedoch retten, woraufhin Inui Seijirō, der Vorsitzende des Labors, in dem der DC Mini entwickelt wurde, das Benutzen der DC Minis komplett verbietet.
